Das Kommando ist das Leitungsorgan der gemeindlichen Einrichtung Feuerwehr. An seiner Spitze stehen der Kommandant und sein Stellvertreter.

Kommandant und Stellvertreter werden aus der Mitte aller Feuerwehrdienstleistenden einer Freiwilligen Feuerwehr auf die Dauer von sechs Jahren gewählt. Sie müssen für dieses Amt persönlich und fachlich geeignet sein, was einerseits durch die Bestätigung der Wahl durch den Gemeinderat belegt wird. Andererseits müssen mindestens die Lehrgänge "Gruppenführer" und "Leiter einer Feuerwehr" an einer staatlichen Feuerwehrschule erfolgreich absolviert werden.

Der Kommandant, in Abwesenheit sein Stellvertreter, vertritt die Feuerwehr nach außen und gegenüber der Gemeinde. Er untersteht dazu direkt dem ersten Bürgermeister und ist ihm gegenüber für die ständige Einsatzbereitschaft der Feuerwehr gesamtverantwortlich. Der Kommandant leitet grundsätzlich die Einsätze der Feuerwehr im eigenen Schutzbereich, sofern nicht ein besonderer Führungsdienstgrad des Landkreises die Einsatzleitung übernimmt.

Die vielfältigen und zahlreichen Aufgaben die im Rahmen der Leitung einer Feuerwehr anfallen, können aber unmöglich nur von einer (noch dazu ehrenamtlichen!) Person ordnungsgemäß getätigt werden. Deshalb muss der Kommandant auf einen Stab von Führungskräften und Fachleuten zurückgreifen können, die im Kommando vereint sind. Sie beraten den Kommandanten fachlich und arbeiten ihm zu, bereiten Entscheidungen vor, bzw. setzen mit den ihnen zugewiesenen Kräften die Aufträge des Kommandanten in die Tat um.

In den persönlichen Aufgabenbereich des Kommandanten fallen bei der Freiwilligen Feuerwehr Markt Burgwindheim allerdings insbesondere die Personalplanung und -führung, die Sicherheit im Feuerwehrdienst, die Einsatz- und Alarmplanung und die Öffentlichkeitsarbeit.

Dem Kommando gehören an:

- Der Kommandant (1. Kdt),
- sein Stellvertreter (2. Kdt),
- die Löschgruppenführer (LGrF),
- die Fachbereichsleiter (FBL) und
- der Jugendwart (JW)